Markus Schäfer studierte Gesang (bei Armand McLane) und Kirchenmusik in Karlsruhe und Düsseldorf und war Wettbewerbsgewinner in Berlin (Bundeswettbewerb Gesang) und Mailand (Caruso-Wettbewerb). Er besuchte das Opernstudio in Zürich und gab sein Debüt am dortigen Opernhaus, wo er sein erstes Engagement erhielt. Es folgten die Hamburger Staatsoper und die Deutsche Oper am Rhein in Düsseldorf, wo er bis 1993 fest engagiert war. Seitdem führen ihn Gastspiele und Konzertreisen zu vielen renommierten Opernhäusern und Festivals. Dabei tritt er oft in Mozartpartien wie Ferrando, Ottavio oder Tamino auf, die er unter anderem an den Staatsopern in Berlin und München gesungen hat. Bevorzugt singt er auch Bachs Evangelistenpartien, mit denen er bei den Bachfestivals in Ansbach, Leipzig und Luzern brillierte. Unter den vielen Dirigenten, mit denen er seither zusammengearbeitet hat, sind so renommierte wie René Jacobs, Sigiswald Kuijken, Paul McCreesh, Nicolaus Harnoncourt, Michael Gielen, Stephan Soltesz, Kent Nagano, Yakov Kreizberg und Sir Yehudi Menuhin zu nennen. Als Liedinterpret feierte er Erfolge in Wien, bei den „Schubertiaden” Feldkirch und Schwarzenberg sowie in New York, wo er zusammen mit dem Pianisten Hartmut Höll mit Werken von Franz Schubert und Robert Schumann auftrat. Markus Schäfer lehrt als Gesangsprofessor an der Hochschule für Musik und Theater Hannover.
